大埔舊墟公立學校由李炳貴先生於一九六四年創辦，由舊墟天后宮撥出土地興建校舍，為大埔三條鄉村，包括舊墟、南坑及新圍仔三村，提供小學教育，成為該區重要的村校。八十年代，大埔舊墟公立學校已經發展至十八班，學校校譽日隆，即使是村校，仍爭相送子女入讀 。當時學校的發展已比初期成熟，學生不再只來自三村村民的子女，亦有很多來自大埔區甚至其他地區的學生。
一九七九年，港府宣佈將大埔發展為新市鎮，政府這決策正好成為大埔舊墟公立學校的發展契機。港府計畫收回學校及附近地段發展，多番商討後，學校取得大埔第四區安祥路的土地搬遷校舍。興建現時的新校。到一九八六年，學校正式搬遷到安祥路的新校舍，成為上下午校兩間小學。二零零二年學校獲政府批准，於大埔第一區寶湖道興建一座新校舍，命名為「大埔舊墟公立學校(寶湖道)」，兩所小學為大埔居民提供優質的小學教育。
大埔舊墟公立學校由一所只為三條鄉村提供教育的村校，發展為兩間具規模的小學，學校的發展歷史正好反映了大埔的社會及經濟發展。